Episodio 1: The Skank Reflex Analysisn
Episodio 2: The Infestation Hypothesis
Episodio 3: The Pulled Groin Extrapolation
Episodio 4: The Wiggly Finger Catalyst
Episodio 5: The Russian Rocket Reaction
Episodio 6: The Rhinitis Revelation
Episodio 7: The Good Guy Fluctuation
Episodio 8: The Isolation Permutation
Episodio 9: The Ornithophobia Diffusion
Episodio 10: The Flaming Spittoon Acquisition
Episodio 11: The Speckerman Recurrence
Episodio 12: The Shiny Trinket Maneuver
Episodio 13: The Recombination Hypothesis
Episodio 14: The Beta Test Initiation
Episodio 14: The Friendship Contraction
La serie riprende alcune ore dopo il season finale, con Penny che riemerge dalla stanza di Leonard con Raj al seguito, dicendo “Non è come sembra”. Sheldon cerca di decifrare la sua affermazione criptica e di capire di cosa stia parlando. Infastidito, Leonard gli spiega finalmente che cosa sembra con esattezza – Penny e Raj hanno passato la notte insieme. Quando i quattro ragazzi si riuniscono alla caffetteria, la tensione si può tagliare con il coltello, perché Leonard è furioso con Raj e non capisce come lui possa avergli fatto una cosa del genere. Quando Raj confessa che lui e Penny sono innamorati, Leonard perde le staffe e gli rinfaccia che era innamorato di Bernadette solo un mese prima. Howard è shockato e i tre ragazzi cominciano a litigare. Sheldon cerca di farli discutere di argomenti più importanti, come ‘imminente torneo di paintball. Nel frattempo, Amy fa visita a Penny per consolarla, ma quest’ultima non sopporta più di stare nel suo appartamento e va a vivere con lei. Penny comincia a mettere in discussione la sua intera vita. Tutto fa schifo: ha rovinato le cose con i suoi amici, la sua carriera di attrice fa schifo – non è riuscita nemmeno ad ottenere la parte nello spot delle emorroidi per cui ha fatto l’audizione una settimana prima. Koothrappali va da Amy per chiedere a Penny di uscire, ma lei gli dice che hanno commesso un grosso errore e che vuole che solo che tutto ritorni come era prima. Il ragazzo rivela che non hanno davvero fatto sesso… lui ha cercato di infilarsi il preservativo e lei ha tentato di aiutarlo, ma oltre a quello non è successo nulla. Pensa comunque che si sia trattato di una bellissima esperienza, ma la prega di non raccontare la verità a nessuno, perché si sente un po’ in imbarazzo. Lei acconsente malvolentieri. I ragazzi sono al torneo di paintball, ma Leonard, Raj e Howard sono troppo arrabbiati per pensare a giocare. Sheldon cerca di ispirare le truppe e “si suicida”, correndo fuori senza la sua pistola. Gli altri, ispirati dal suo martirio, decidono di vendicare la sua morte. Tornati all’appartamento, Penny si unisce a loro e annuncia che ha deciso di tornare in Nebraska perchè la sua vita in California non le ha portato niente. Mentre Leonard cerca di convincerla a ripensarci, lei riceve una telefonata dal suo agente, che la informa che è stata scelta per lo spot sulle emorroidi. Di nuovo ispirata, Penny abbandona l’idea di andarsene. I ragazzi restano con la loro amica che vive di là dal corridoio e con Raj che si vanta di aver dormito con lei.
Priya ritorna in India, ma lei e Leonard decidono di tentare una relazione a distanza. Videochattano giornalmente e Leonard, cercando di mantenere viva la scintilla, la convince a provare il sesso virtuale, in cui però non è per niente bravo. Leonard cerca di fare un ultimo tentativo, spogliandosi di fronte al monitor, ma ben presto realizza che all’altro capo del computer non c’è la ragazza, ma i suoi genitori. Turbato, Leonard si dirige nel’appartamento di Penny ed è felice di trovare una nuova, comoda sedia. Quando lei gli rivela di averla trovata per strada, lui inorridisce pensando a tutti i germi che la infestano, mentre Sheldon impazzisce per la paura di avere pidocchi che gli camminano su tutto il corpo. Amy, per paura di perdere la sua amicizia con Penny, le dice di amare la sedia e ci si siede sopra, ma entrambe le ragazze rimangono shockate quando un topo salta fuori e morde Amy. Penny la prega di non rivelare mai a Sheldon l’accaduto.
Con Bernadette, Howard e Raj al cinema, Penny al lavoro e SHeldon al negozio di treni, Leonard si ritrova da solo nell’appartamento con Amy. Inizialmente si sente a disagio, ma ben presto prende confidenza con la sua presenza. Quando Sheldon torna dal negozio, Amy gli comunica il ritiro dell’invito ad accompagnarla a un matrimonio quel weekend, perché porterà Leonard al suo posto. Nel frattempo, Bernadette riceve una brutta sorpresa quando Howard le racconta come si trasferiranno con sua madre una volta sposati. I due litigano, ma il ragazzo la convince a passare il weekend con loro per fare un tentativo. Bernadette accetta e presto Howard scopre che sta per sposare una versione più giovane di sua madre. Al matrimonio, Amy convince Leonard a ballare con lei: i due si divertono molto e Leonard, in un impeto d’entusiasmo, verca di fare la spaccata, stirandosi l’inguine. Questo non rovina il suo buonumore e a fine serata ringrazia la ragazza e la bacia sulla guancia. Amy corre immediatamente da Penny e le dice di aver involontariamente fatto innamorare Leonard di lei. Quest’ultimo racconta a Sheldon che si è divertito molto con Amy e Sheldon lo colpisce esclamando “Non è per te!” Sheldon diventa territoriale. Per una ragazza.
